Trong F-22 Lightning 3, người chơi có thể chọn chơi từng nhiệm vụ đơn lẻ, chọn bay theo chiến dịch hay tham gia các đợt huấn luyện. Các nhiệm vụ và chiến dịch diễn ra ở nhiều quốc gia như Sudan, Algérie, Syria, Indonesia... Ở đầu mỗi nhiệm vụ, hướng dẫn viên sẽ cung cấp cho người chơi các chỉ thị và một số lời khuyên hữu ích. Mọi nhiệm vụ đều được xây dựng rất công phu với sự tham gia của nhiều loại máy bay khác nhau như Mig-29, Mig-31, F-15, A-10, C5A... và được mô phỏng hết sức chi tiết. Các máy bay do máy tính điều khiển (dù trong hàng ngũ đồng đội hay đối phương của người chơi) đều biểu lộ một mức độ AI (trí tuệ nhân tạo) đáng nể. Khi vào cuộc, máy bay trinh thám AWACS sẽ dẫn người chơi đến mục tiêu và cảnh báo về các mối đe dọa từ đối phương trong khu vực. Sau đó, theo hiệu lệnh của người chơi, phi công bay cặp sẽ tấn công mục tiêu với độ chính xác rất cao. Các tín hiệu điện đàm cũng rất hiện thực cho phép người chơi hình dung rõ diễn biến của trận đánh đang diễn ra. Người chơi nghe thấy các mệnh lệnh chỉ huy, các thông tin hướng dẫn và cảnh báo, thậm chí cả lời các phi công gọi nhóm tìm kiếm và cứu hộ khi máy bay của họ bị bắn rơi.[2]

Trước mỗi nhiệm vụ, người chơi sẽ được xem bản đồ bay và thay đổi cơ số vũ khí mang theo nếu cần thiết. Các vũ khí được trang bị mặc định thường vừa đủ để hoàn thành nhiệm vụ. Người chơi cũng có thể mang nhiều vũ khí hơn mà không làm ảnh hưởng đến các đặc tính kỹ thuật của máy bay. Về nguyên tắc, F-22 được thiết kế với khả năng tấn công từ xa nhằm giảm thiểu nguy hiểm cho phi công điều khiển. Nguyên tắc này được thể hiện trong game với việc trang bị tên lửa tầm xa AMRAAM. Cơ chế gây nhiễu có thể được thả tự động. Ngoài ra còn có chế độ tự động cất cánh, tự động bay và tự động hạ cánh. Chế độ tự động bay sẽ dẫn người chơi đi theo các điểm định sẵn đến mục tiêu cũng như cân bằng tốc độ và độ cao so với mục tiêu.[2]

NovaLogic được đánh giá là chuyên gia hàng đầu trong việc thiết kế và mô phỏng các loại máy bay và các hiệu ứng môi trường. Điều này một lần nữa được khẳng định trong F-22 Lightning 3. Màn hình buồng lái rất chi tiết và hiện thực. Các hiệu ứng môi trường như mưa, gió, sấm chớp và sương mù được mô phỏng rất tinh tế. Mô hình máy bay được thể hiện kỹ lưỡng với nhiều góc nhìn, phóng to thu nhỏ, xoay tròn 360 độ. Bên cạnh đó, loạt game này không chỉ dành cho các fan thực thụ của thể loại mô phỏng máy bay, cả những người mới làm quen với không chiến cũng có thể vào cuộc mà cần không tốn nhiều thời gian đọc hướng dẫn sử dụng.[2]